Souche des Andes du hantavirus : ce que disent les études

La transmission du hantavirus souche des Andes est au cœur de la problématique actuelle concernant le cluster d‘infections observé à bord du paquebot MV Hondius. Les autorités sanitaires doivent trouver le chemin le plus adéquat entre l’isolement le plus strict si le virus apparait fortement contagieux ou un isolement plus souple avec surveillance renforcée si la transmission nécessite un contact plus étroit. Problème : on dispose actuellement de peu de données scientifiques sur ce sujet. Alors, que disent réellement ces études?

Les hantavirus sont connus depuis les années 1950. Ils ont été identifiés lors d’une épidémie survenue pendant la guerre de Corée, au cours de laquelle plus de 3 000 soldats avaient développé des symptômes à type de syndrome grippal parfois associé à des hémorragies. Le nom "hantavirus" vient d’ailleurs d’une rivière coréenne, la rivière Hantaan.

L’Oganisation mondiale de la Santé (OMS) a indiqué que c’est bien la souche des Andes qui est à l’origine des cas survenus sur le MV Hondius. Cette souche a été identifiée pour la première fois en 1995 chez patient décédé en 1995 à El Bolsón, en Argentine, comme le décrit l’étude Lopez N. et al. (1). Les analyses ont été réalisées à partir de tissu pulmonaire du patient, confirmant une nouvelle souche distincte des autres hantavirus.

L’année suivante, une étude, publiée par les US Centers for Diseases and Prevention (CDC) portant sur 20 cas survenus en Argentine du sud, suggère fortement l’existence d’une transmission interhumaine avec cette souche (2). Il s’agissait de 18 cas recensés chez des habitants ou des visiteurs des villes d'El Bolsón, de Bariloche et d'Esquel, dans le sud de l'Argentine survenus entre le 22 septembre et le 5 décembre 1996. S’y ajoutaient deux autres personnes qui avaient été en contact avec des patients d'El Bolsón, mais qui ne s'étaient jamais rendues dans cette région. Cinq des patients étaient des médecins, dont trois directement chargés des soins cliniques d'un patient malade. "Les liens épidémiologiques entre tous les cas sauf quatre et les données indiquant une faible densité de population de rongeurs dans la région suggèrent fortement une transmission interhumaine […] au cours de cette épidémie" décrivent les auteurs. Ils précisent par ailleurs que "le mode de transmission probable — qu'il s'agisse d'un contact direct, de gouttelettes, d'aérosols infectieux ou de matières contaminés — n'est pas connu".

Par la suite, d'autres épidémies ont été recensées. En particulier, un foyer en Argentine en 2014, qui a confirmé la transmission interhumaine. Il s’agissait d’un foyer épidémique comprenant cinq cas humains. Une personne avait initialement été infectée, puis elle a contaminé deux contacts familiaux ainsi que deux professionnels de santé. Les résultats d'une enquête épidémiologique et de l'analyse séquentielle du virus ont confirmé la transmission interhumaine pour les 4 cas secondaires. Cette étude, dont les résultats ont aussi été publiés par les CDC (3), a aussi permis de préciser la période d'incubation du virus en montrant qu’elle était plus longue après une exposition environnementale qu’en cas d’exposition interhumaine. Elle conclut ainsi que "toutes les personnes ayant été exposées à un cas confirmé d'ANDV ou ayant pu être exposées au virus par voie environnementale doivent faire l'objet d'une surveillance des symptômes cliniques pendant 42 jours".

L’étude qui fait référence : le foyer d’Epuyen, en 2018-2019

Mais l’étude de plus grande ampleur date de 2020. Elle rapporte les données d’une flambée épidémique qui a eu lieu dans le village d'Epuyén, en Patagonie argentine, entre novembre 2018 et février 2019. Elle a entraîné 34 cas confirmés (âge moyen de 38 ans) et 11 décès, soit un taux de létalité de 32%). Les résultats, publiés dans le New England Journal of Medicine (4), confirment la transmission interhumaine et donnent de nouvelle précision sur les contacts nécessaires et la cinétique de la maladie. 

Le patient index, contaminé à partir de rongeurs s’est rendu à une fête d’anniversaire comprenant environ 100 personnes. Il présentait apparemment des symptômes à ce moment-là (fièvre et malaise). Cinq personnes qui étaient assises près de lui ont ensuite présenté des symptômes entre 17 et 24 jours après la fête. Un de ces 5 cas secondaires serait ensuite à l’origine de six infections chez d'autres personnes. Il a contaminé sa femme qui a elle-même contaminé 10 autres personnes ayant assisté à la veillée funèbre de son mari. Les sujets sont tombés malades entre 14 et 40 jours après cette veillée. Les autres contaminations ont ensuite eu lieu par contact étroit avec au moins un patient ayant déjà présenté des symptômes. Quatre générations d’infections ont ainsi été observées. Les périodes d'incubation ont été calculées entre 9 à 40 jours. Les observations suggèrent, en outre, la nécessité de la présence de symptômes pour qu’il y ait contamination.

La souche en cause était la même que celle d’El Bolson en 1996. Et le taux de reproduction médian R, ie, le nombre de cas secondaires causés par une personne infectée pendant la période contagieuse a été calculé à 2,12. 

Sur le plan clinique, les auteurs ont constaté que 100% des patients avaient de la fièvre au moment de la phase prodromale. 
La symptomatologie était caractérisée ensuite, par "l'apparition rapide d'une détresse respiratoire aiguë", qui était quasi systématique. Le délai moyen entre l'apparition des symptômes et le décès était de 6,7 jours. 

Les autorités de santé locales ont alors imposé l'isolement des personnes confirmées et la mise en quarantaine des contacts potentiels. "Ces mesures ont très probablement limité la propagation du virus", concluent les auteurs, avec un R qui est descendu à 0,96. Autre information, les auteurs ont montré que le risque de contamination augmentait avec la charge virale et en cas d’atteinte hépatique. En revanche, aucun lien n’a été montré avec la gravité de la maladie ou l’âge. Enfin "bien que les séquences Epuyén/18–19 et Epilink/96 aient été prélevées à 22 ans d'intervalle, peu de mutations génomiques ont été identifiées parmi les souches impliquées dans l'épidémie qui se sont transmises d'une personne à l'autre", précisent ils. 

En 2020, une étude (5) a relaté l’existence d’une possible transmission par le lait maternel chez une patiente. "Le génome et les protéines de l'ANDV dans les cellules du lait maternel", précisaient les auteurs.

Beaucoup d’incertitudes

Mais force est de constater que les cas et a fortiori les études, restent très limitées sur le sujet. Les autorités sanitaires ont donc fait valoir le principe de précaution concernant les décisions prises actuellement pour tenter de circonscrire le virus. Ainsi, une mise à l’isolement strict des cas contacts, en milieu hospitalier, a été décidée, même si les études rapportent une faible contagiosité en l’absence de symptôme. Et en fonction des données, la poursuite de cet isolement pourrait être décidé pendant la durée maximale de l’incubation.
De même, "on ne peut pas exclure qu’un patient asymptomatique puisse être contagieux" a affirmé Caroline Semaille, Directrice générale, Santé publique France, en conférence de presse le 12 mai, même si le risque de transmission apparait très faible dans ces circonstances. 
Quoiqu’il en soit le début d’épidémie à bord du MV Hondius ouvre une fenêtre d’études inespérée sur cette maladie tropicale jusqu’à présent négligée.