Stratégies vaccinales depuis 2018 : le bilan en demi-teinte de la Cour des comptes

Les stratégies vaccinales en France sont globalement largement efficientes, mais certains points de vigilance nécessitent des améliorations. C’est ce qui ressort d’une évaluation des politiques vaccinales menées en France depuis 2018, que vient de rendre publique la Cour des comptes, ce lundi 7 septembre. Centrée sur la population générale – et donc, n’abordant ni la vaccination des professionnels de santé, ni celle des voyageurs, ni celle de crise, par exemple - le rapport répondait à trois grandes questions : les modifications de la politique vaccinale depuis janvier 2018 ont-elles permis de mieux atteindre les objectifs de couverture vaccinale ? Les stratégies vaccinales mises en œuvre dans le cadre de la politique vaccinale depuis 2018 sont-elles efficientes ? Et, dans quelle mesure la politique vaccinale contribue-t-elle à la réduction des inégalités sociales et territoriales en matière de santé ?

En effet, selon la Cour des comptes, le coût de la vaccination était estimé à 1,4 Md€ en 2024. Surtout l’évolution des stratégies vaccinales a conduit à une hausse de près de 70% depuis 2018. Alors ces investissements et les décisions prises dans ce domaine ces dernières années ont-elles porté leurs fruits ? "La Cour des comptes continue de plaider pour la vaccination. […] L’investissement en vaut la chandelle. Cela protège la population et les finances publiques", souligne d’emblée Amélie de Montchalin, première présidente de la Cour des comptes, lors de la conférence de presse de présentation de ce rapport. 

Les auteurs pointent cependant plusieurs défaillances, faisant dire à Amélie de Montchalin que le bilan est tout de même en "demi-teinte". Elle rapporte, en particulier, "un retard important sur le déploiement du carnet de vaccination électronique" alors que ce dernier "est un objectif depuis les années 2000". Ainsi, en octobre 2025, seuls 11% des dossiers médicaux partagés (DMP) activés (35% de la population), consultables dans "Mon espace santé", comportaient une note de vaccination. En outre, ce sont généralement les pharmaciens qui l’alimentent. "C’est un obstacle majeur pour la protection individuelle et collective. Et un élément de fragilité en cas d’épidémie", a rappelé la présidente de la Cour des comptes. L’Institution recommande donc sa généralisation à brève échéance, d’ici fin 2028.

Rougeole et HPV à améliorer

L’élargissement des vaccinations obligatoires du nourrisson en 2018 "a consolidé les couvertures déjà élevées de vaccins anciens et favorisé la progression des plus récents", confirme le rapport. Mais il persiste des points noirs, en particulier concernant la rougeole et le papillomavirus (HPV). Les autorités rappellent ainsi que plus de 870 cas de rougeole et au moins quatre décès ont été recensés en 2025, et que la couverture vaccinale contre cette infection reste inférieure aux 95% nécessaires pour prévenir les épidémies. 

Pour les HPV, les résultats sont aussi "décevants" avec une couverture vaccinale pour la 1^ère dose de seulement 9,2% des élèves de cinquième en 2024-2025, malgré la vaccination au collège. Devant le manque de médecins scolaires, la Cour de comptes recommande d’autoriser les infirmiers scolaires à prescrire des vaccins et à vacciner. 

Citant notamment la diminution de la morbidité liée au VRS ou au rotavirus, la Cour des comptes confirme l’efficience des vaccins : "Les effets sanitaires et économiques de la vaccination sont avérés." Il en est de même pour la vaccination contre la grippe qui "présente aussi un intérêt économique manifeste". Ainsi, selon une étude de l’Assurance Maladie, la campagne de vaccination grippale a coûté, en 2017-2018, 108 M€ ; mais elle aurait réduit les dépenses de soins de 155 M€, soit une économie nette de 46,5 M€. Le rapport note cependant que le taux de couverture reste trop faible chez les sujets âgés. 

Par ailleurs, "le quasi-triplement du nombre de vaccinateurs potentiels a produit des résultats mitigés", soulignent les auteurs du rapport, qui recommandent de renforcer la contribution d’autres lieux de soins comme les services de santé au travail et ceux destinés aux étudiants, ainsi que les établissements de santé et les laboratoires de biologie médicale. 

Améliorer l’évaluation de l’efficience des nouveaux vaccins

La question du prix de certains nouveaux vaccins – parfois le double des vaccins déjà disponibles - interpelle aussi, comme ceux fortement dosés ou avec adjuvant contre la grippe saisonnière, pour un gain d’efficacité jugé "au mieux modeste". Le rapport recommande donc une meilleure évaluation de l’efficacité, de la sécurité et de l’efficience de tout nouveau vaccin, en conditions réelles. Et cela passe par une réorganisation des modalités de décision, actuellement divisée en plusieurs commissions au sein de la Haute Autorité de santé. Les sages préconisent donc de "regrouper dans une seule commission de la HAS l’élaboration des recommandations vaccinales et d’immunisation, l’évaluation du service médical rendu et de son amélioration et l’évaluation de l’efficience et de l’impact budgétaire des vaccins et des produits concourant à une immunisation". 

Peu d’impact sur les inégalités sociales

Autre aspect qui doit être amélioré : la réduction des inégalités. Si des progrès ont été constatés concernant les inégalités territoriales – si on excepte le point noir permanent des territoires ultra-marins – le rapport constate la persistance d’inégalités sociales "marquées". Cela est observé, par exemple, pour la vaccination contre la grippe, largement moins élevée chez les bénéficiaires de la complémentaire santé solidaire, ou encore lors des campagnes contre le HPV, deux fois plus faible dans les établissements d’éducation prioritaire. 

Il convient aussi d’élargir la vaccination des personnes étrangères. Pour cela, la Cour des comptes recommande d’attribuer un statut de service de santé à l’Office français de l’immigration et de l’intégration afin "de proposer directement la vaccination aux demandeurs d’asile".