L’alimentation du nouveau-né et la prise de poids de la mère pendant la grossesse prédisent une maturation métabolique précoce du microbiome intestinal

Afin d’étudier les déterminants pré et post-natals du microbiome de l’enfant en développement, une équipe américaine a analysé 402 métagénomes fécaux de 60 enfants âgés de 0 à 8 mois et montrent que des signatures particulières sont corrélées avec l’allaitement, les ingrédients contenus dans les formules de lait ainsi que le gain de poids pendant la grossesse de la mère. L’accrétion de voies de synthèse d’acides aminés dans les microbiomes d’enfants nourris au sein complémente la composition normale du lait maternel. Les oligosaccharides prébiotiques utilisés pour favoriser une microflore proche de celle des enfants nourris au sein prédisent des voies fonctionnelles distinctes des microbiomes des enfants nourris au sein. Les laits de soja sont associés de manière positive avec Lachnospiraceae et des voies suggérant un environnement riche en acides gras à chaînes courtes dont la fermentation du glycérol en 1-butanol est potentiellement dysbiotique. Le gain de poids pendant la grossesse est corrélé avec une perturbation de la dégradation des hydrates de carbone et des voies de synthèse enrichies en vitamines. Les antibiotiques maternels et post-natals prédisent des altérations du microbiome alors que la voie d’accouchement n’avait pas d’effets persistants. Les corrélations associées à la source d’eau d’origine domestique suggèrent que l’eau pourrait être un déterminant sous-estimé de l’acquisition du microbiome. Des voies microbiennes cliniquement importantes avec des corrélations statistiquement significatives avec l’alimentation incluaient les marqueurs dysbiotiques des caractéristiques d’entérotype et des voies de synthèse pour des médiateurs entéro-protecteurs et immuno-modulateurs, des médiateurs épigénétiques et des vitamines critiques pour le développement. Tout cela bien sûr méritera des investigations complémentaires.