Ecos, stages, spécialités : comment la Cour des comptes veut réformer l'internat de médecine

Hyperspécialisation, répartition inégale des internes sur le territoire, concentration des stages dans les CHU, lourdeur de l'organisation des Ecos… Ce sont quelques-uns des nombreux constats formulés par la Cour des comptes dans son enquête sur le 3e cycle des études de médecine, présentée ce mercredi 14 octobre devant la commission des Affaires sociales du Sénat. Ce rapport fait suite à la remise en décembre 2024 d'un travail de la Cour des comptes sur l'accès aux études de santé. 

Cette fois, les Sages de la rue Cambon se sont intéressés à l'internat de médecine et, en particulier, aux réformes qui l'ont transformé ces dernières années. En passant par la réforme majeure de 2016 - appliquée en 2017 - qui a permis une refonte totale de l'internat de médecine, la transformation du concours de l'internat en 2023, et la mise en œuvre de la quatrième année d'internat de médecine générale, qui débute en novembre 2026.  

Le bilan de ces réformes est "mitigé", selon la présidente de la 3e chambre de la Cour des comptes, Nathalie Casas, qui avance toutefois plusieurs points positifs. Parmi eux, le "changement de paradigme dans la formation des médecins en faveur de l'évaluation des compétences et non [plus seulement] des théories", a-t-elle affirmé ce mercredi, devant les sénateurs de la commission des Affaires sociales. Ce changement a été notamment permis par l'instauration des Ecos au printemps 2024.  

Autre évolution positive : l'affectation "successive" des internes à des stages de six mois durant le 3e cycle de formation. Cette modalité "rend la formation à la fois très pratique, progressive et professionnalisante, adaptée en quelque sorte au choix du praticien", a expliqué la présidente de la 3e chambre, qui a par ailleurs salué l'instauration du statut de docteur junior et des DES uniques en 2017. "Ce diplôme unique permet d'unifier le parcours des [futurs] médecins et d'améliorer la lisibilité de la formation", a-t-elle glissé. 

Concernant les conditions de travail des internes, que Nathalie Casas juge "éprouvantes", des "avancées" sont à noter, comme la "systématisation de l'application du repos de garde" et le "déploiement progressif d'outils de mesure du temps de travail", parfois encore difficile dans certains établissements. 

Revoir l'organisation des Ecos 

Malgré ces éclaircies, "il y a encore un certain nombre de limites et de progrès à réaliser, notamment […] sur la lourdeur d'organisation des Ecos, qui conduit à une forme de mise sous tension des universités", a expliqué Nathalie Casas. Alors qu'un peu plus de 11 000 étudiants devraient plancher sur ces épreuves orales au printemps prochain, la Cour recommande de réduire le nombre de mises en situation – actuellement de dix – passées par les étudiants à "sept voire à six".  

Le rapport avance aussi la possibilité de "désynchroniser [c]es épreuves sur l'ensemble du territoire, en tirant au sort des épreuves dans une banque d'épreuves nationale afin de préserver l'égalité entre les candidats et d'alléger la pression sur les universités en cas d'incident". Autre hypothèse avancée : limiter à une échelle plus locale la tenue d'épreuves de rattrapage lorsqu'un tel incident se produit. 

Selon Nathalie Casas, la Cour porte également un regard critique sur l'allongement des études et sur la spécialisation des internes, qu'elle juge "trop précoce, excessive et peu adaptée aux besoins de santé émergents". "Dès 2016 [suite à la réforme, NDLR], dans le cadre des arbitrages arrêtant la liste et le contenu des spécialités, certaines ont obtenu un allongement de leur durée de formation", écrivent les sages de la rue Cambon dans leur rapport, citant notamment la pédiatrie, la pneumologie et l'ophtalmologie. "D’autres DES ont été allongés ultérieurement." 

La Cour formule donc une série de recommandations, à commencer par la suppression du classement en 13 groupes de spécialités afin de revenir à "un classement unique à l'entrée en 3e cycle", système existant avant la réforme du concours de l'internat. Pour les Sages, le classement par groupe conduirait les carabins "à faire trop tôt leur choix de spécialité dans un seul objectif stratégique : orienter leurs révisions pour obtenir le meilleur classement dans le groupe" de la spécialité qu'ils visent, et à choisir des stages orientés en amont des Ecos, détaillent-ils, ce qui accroîtrait le "risque de remords". 

L'enquête propose, en outre, d'augmenter le nombre d'internes ayant un exercice "généraliste" de leur spécialité, "en mobilisant les contrats de formation, les stages libres, les stages en CH de proximité et en régulant les options et formations spécialisées transversales". Et de réviser "plus périodiquement" les maquettes de formation dans le cadre d'une concertation interdisciplinaire afin de prendre en compte "de manière prospective les besoins de santé et d'organisation des soins", a développé Nathalie Casas, devant la commission des Affaires sociales. 

Plus de 50 000 internes attendus 

Au-delà des conséquences des réformes, la Cour des comptes s'est penchée sur l'augmentation des effectifs d'internes. "[Leur] nombre a plus que doublé en vingt ans", et "devrait fortement augmenter dans les années qui viennent en passant de 39 000 [en 2024] à plus de 50 000" en 2029, a explicité Nathalie Casas, ce mercredi. Cet accroissement est une "opportunité unique d'un rééquilibrage territorial et sectoriel des internes, si on parvient à l'anticiper".  

Or, malgré cette hausse, la procédure actuelle d'affectation des futurs praticiens par subdivision et par spécialité ne permet pas d'accroître suffisamment le nombre d'internes dans les spécialités "qui correspondent à des priorités de santé publique (gériatrie, psychiatrie, santé publique et médecine du travail)", a pointé la présidente de la 3e chambre. Elle a également déploré que la répartition des postes d'internat se fasse surtout à partir des besoins existants dans les CHU plutôt que des besoins de santé projetés.   

Pour y remédier, la Cour des comptes recommande donc de "planifier de façon pluriannuelle le nombre de médecins à former en tenant compte des besoins en santé par spécialité et par territoire, et [de] répartir en conséquence les postes d’internes en opérant chaque année les redéploiements nécessaires".  

"Cela suppose évidemment d'adapter les capacités d'encadrement pédagogique", qui sont disparates selon les régions, selon Nathalie Casas. "Il nous paraît indispensable d'avoir une gestion prévisionnelle des emplois des enseignants en médecine de tout statut, cohérente en nombre avec les objectifs de professionnels de santé à former [et] de redéployer en conséquence les postes entre les filières universitaires, les territoires et les spécialités." 

Un coût de 2,6 milliards d'euros 

Mais cela doit se faire tout en tenant compte de l'impact financier de ces changements. Selon la Cour des comptes, le coût de la formation en 3e cycle, constitué pour l'essentiel par les salaires des internes, est estimé à 2,6 milliards d'euros (+ 800 millions d'euros depuis 2019). Il pourrait croître de 700 millions à 1 milliard d'euros d'ici 2033 en raison de l'allongement de la durée des formations de médecine générale et de psychiatrie, et de la hausse du nombre d'étudiants. 

Il est indispensable qu'un tel surcoût, pesant principalement sur les hôpitaux, se traduise par une amélioration sensible de l'offre de soins partout sur le territoire, estiment les Sages, qui proposent de mieux anticiper les dépenses à venir en invitant les ministères à "établir une méthodologie de calcul du coût total" de l'internat, "et plus largement des études de santé". 

Enfin, le dernier point abordé par la Cour dans cette enquête est la nécessité de développer les stages en dehors des villes universitaires. D'après une analyse menée entre 2024 et 2025, 97 % des stages ambulatoires sont réalisés par des internes en médecine générale. Pour les autres spécialités, les stages ambulatoires sont exceptionnels, avec près de 97 % des stages qui se déroulent en milieu hospitalier. De plus, en 2023, parmi les internes et DJ en stage dans un établissement de santé, 59 % l'étaient dans un CHU. Or, cette trop forte concentration des carabins dans les CHU – au détriment des CH de proximité et de l'ambulatoire – "contribue à perpétuer la sous-densité médicale dans les zones rurales et les villes moyennes", peut-on lire dans le rapport.  

Les Sages avancent donc trois préconisations. D'une part, profiter de la révision des maquettes pour augmenter le nombre de stages réalisés hors d'un CHU et, pour certaines spécialités (gynécologie, dermatologie…), en ambulatoire. D'autre part, modifier la procédure de répartition des stages afin que figure dans ses objectifs réglementaires la prise en compte des besoins de santé des territoires et offrir un nombre de terrains de stage strictement égal au nombre d'internes. "Cela doit permettre d'éviter que les stages proposés par des hôpitaux plus éloignés ne soient jamais pourvus", a précisé Nathalie Casas. 

Enfin, la dernière recommandation porte sur la nécessité de "définir à l'échelle régionale, en concertation avec les collectivités locales, des stratégies de déploiement territorial d'enseignants et d'internes". Et ce, sur la base "des expérimentations et démarches" déjà mises en œuvre localement, a souligné la présidente de la 3e chambre, pour qui l'ensemble de ces mesures doit "garantir la qualité de formation [des carabins], y compris en leur offrant de meilleures conditions de vie" et améliorer "l'offre de soins" sur tout le territoire.