Des traces de la bactérie E.coli trouvées dans une momie italienne du 16ème siècle

  C’est une grande découverte que vient de faire une équipe de chercheurs canadiens, italiens et français. Alors qu’il "n’existait jusqu'à présent aucune preuve physique de son existence avant le 16^e siècle", ces experts ont trouvé des traces de la bactérie dans une momie italienne du 16^e siècle, et sont parvenus à reconstituer le premier génome ancien de la bactérie à l’aide de fragments extraits d’un calcul biliaire de cette momie, indique l’Université Paris Cité dans un communiqué diffusé le 17 juin, au lendemain de la publication de l’étude dans la revue Nature.  Par ailleurs, "contrairement aux pandémies bien documentées dues à des pathogènes obligatoires telles que la peste noire, qui a duré des siècles et tué jusqu'à 200 millions de personnes dans le monde, il n'existe aucune trace historique de décès causés par des pathogènes opportunistes tels que E. coli, bien que leur impact sur la santé humaine et la mortalité ait probablement été énorme", ajoute Paris Cité.

L’histoire de cette découverte remonte à 1983 lorsque des archéologues italiens de l'université de Pise mettent au jour les restes momifiés de nobles italiens retrouvés dans l'abbaye de Saint Domenico Maggiore à Naples. Un examen paléopathologique et histologique est réalisé sur l’un d’eux, un noble napolitain mort à l’âge de 48 ans, en 1586. Il révèle la présence de calculs biliaires intacts, laissant penser que l’homme était atteint de cholécystite chronique. Dans ces calculs vieux de 5 siècles, le Pr Hendrik Poinar, généticien évolutionniste, directeur de l'Ancient DNA Centre de l'Université McMaster et chercheur principal au Michael G. DeGroote Institute for Infectious Disease Research de l'université, découvre la présence de la bactérie E. coli. Entre en scène le Pr Erick Denamur (PU-PH Université Paris Cité), spécialiste de la génétique des populations d'E. coli. Ce dernier intègre l’équipe internationale qui s’est constituée afin de reconstituer et analyser le premier génome ancien de la bactérie. Mission réussie. "C'était tellement émouvant de typer cet ancien E. coli et de découvrir qu'il était presque unique mais qu'il s'inscrivait dans une lignée phylogénétique caractéristique des commensaux humains qui causent aujourd'hui des cholécystites", s’est réjoui le Pr Denamur. Paris Cité souligne en effet la prouesse technologique réalisée par l’équipe. Car "E. coli ubiquitaire vit non seulement dans le sol mais aussi dans nos propres microbiomes. Les chercheurs ont dû isoler méticuleusement des fragments de la bactérie cible, qui avaient été dégradés par une contamination environnementale provenant de nombreuses sources". L’université ajoute néanmoins que la façon dont E.coli a évolué, "avec acquisition de nouveaux gènes isolés ou groupés sur des plasmides lui conférant résistance aux antibiotiques et pathogénicité, reste à élucider". Mais elle se veut optimiste à la lumière de cette reconstitution de génome. "Cette plongée dans le passé pourrait aussi aider à prédire ses évolutions futures en termes de virulence et de résistance et peut être aussi celles d'autres pathogènes opportunistes."