Covid : que sait-on du nouveau sous-variant JN-1 ?

Le variant BA.2.86 est devenu majoritaire en France hexagonale, représentant 46% des séquences dans la dernière enquête Flashs (20 novembre), devant EG.5 qui représentait encore 30% des séquences.  

"On a une tendance à une dynamique de remplacement, confirmait Santé publique France (SPF) en conférence de presse le 13 décembre. Mais cette dynamique est classique par rapport à ce qu’on a vu depuis Omicron, pas spécialement rapide, et pas comparable, avec ce qui a été observé lors du remplacement de Delta par Omicron. Donc on n’est pas dans une situation particulièrement inquiétante." 

Les variants XBB.1.5, XBB.1.16, XBB.1.9 et XBB.2.3 continuent à circuler, mais à "des niveaux faibles" : 9% (pour XBB.1.5) et 3% (pour XBB.1.16, XBB.1.9 et XBB.2.3). 

Au sein de BA.2.86, l’épidémie actuelle est portée principalement par le sous-lignage JN.1. Ce dernier représentait 39% des séquences, au 20 novembre, en nette hausse par rapport à l’analyse précédente. Santé publique France précise dans sa dernière analyse de risques des variants émergents (au 11 décembre) qu'"aucun signal préoccupant" n’a été identifié, que ce soit pour BA.2.86 ou pour JN.1. 

D'après les premières données in vitro, JN.1 semble présenter un échappement immunitaire supérieur à BA.2.86, "mais qui pourrait être partiellement compensé par une diminution de transmissibilité", même si ces résultats doivent être confirmés en vie réelle.  

Toutes les régions françaises métropolitaines présentent globalement la même situation virologique. Dans les Drom, c’est XBB qui domine, mais le variant BA.2.86 commence à y être détecté, notamment à La Réunion, en Guyane et à Mayotte. 

La situation française est un peu différente de celle du monde car, à l’échelle internationale, c’est encore le variant EG.5 qui est majoritaire, malgré une légère diminution avec 48% des séquences entre le 12 novembre et le 11 décembre.