Réforme de la facturation électronique : quels impacts pour les médecins libéraux ?

Rappelons que cette réforme va non seulement imposer l'émission et la réception de factures électroniques entre professionnels (e-invoicing) mais aussi l'obligation pour les entreprises de transmettre régulièrement à l'administration fiscale des données de transactions et de paiement (e-reporting). 

Devant les changements à venir, rassurons d'emblée les médecins libéraux: Pour la très grande majorité d'entre eux, seul le volet de la réforme relatif à la réception des factures électroniques les concernera. 

En clair, au 1^er septembre 2026, il leur faudra tous, sans exception, être enregistrés sur une plateforme agréée (PA), pour être en capacité de recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs (énergie, téléphonie, banque, logiciels de prise de rendez-vous…). Cet enregistrement va permettre de référencer leur cabinet dans une base de données accessible aux autres professionnels avec qui ils interagissent. À défaut, impossible pour eux de leur adresser leur facture. Pour les dépenses du quotidien, et afin de fluidifier les passages en caisse, une tolérance administrative de 150 euros a été instaurée (frais de restaurants, tickets de péage…). Un simple ticket de caisse sera en effet accepté comme justificatif comptable de la dépense.

Pour contraindre les entreprises à s'enregistrer, des sanctions sont prévues, d'où les mails d'avertissement que l'administration commence à envoyer. Si, au 1^er septembre 2026, vous n'êtes pas enregistré sur une PA, une mise en demeure vous sommera de le faire dans un délai de 3 mois, sous peine de recevoir une première amende de 500 euros.

La liste des plateformes est accessible sur l'espace professionnel d'impots.gouv. Pléthore d'entre elles sont gratuites et l'enregistrement rapide (10 minutes). Le changement de plateforme est possible sans formalisme. Donc pas d'inquiétude, le choix est révocable.

Certains médecins libéraux devront cependant également éditer des factures électroniques pour certaines opérations. La dispense d'émettre des factures électroniques est en effet le corollaire de l'exonération de TVA des prestations de soins à finalité thérapeutique (article 261-4-1 du CGI). Donc, dès qu'un médecin sort de ce cadre (facturation de conférences, d'expertises, de redevances de collaboration, de prestations annexes…), il est obligé, pour ces actes précis, même s'ils sont anecdotiques, d'émettre une facture électronique. Si le client est un particulier, comme pour certains actes à visée esthétique ou hors nomenclature, il ne doit pas émettre de factures électroniques mais procéder au "e-reporting" de ces actes spécifiques. Un maître-mot : anticipez