Ce que révèle le microbiome intestinal humain au cours du diabète de type 1 à début précoce

Les affections virales ainsi que des dysbioses intestinales importantes ont été identifiées comme des causes potentielles ou des facteurs contributifs. Toutefois, les études humaines n’ont pas permis jusqu’à maintenant d’identifier un déclencheur, qu’il s’agisse de la composition ou de la fonction microbienne, qui soit prédictif de l’auto-immunité des îlots ou du diabète de type 1. Une équipe américaine a donc analysé 10 913 métagénomes d’échantillons de selles provenant de 783 enfants, essentiellement Blancs, non hispaniques. Les échantillons ont été récoltés de l’âge de 3 ans jusqu’à l’élément clinique déterminant le diabète de type 1 ou l’apparition d’une auto-immunité anti-cellules d’îlots dans l’étude TEDDY (The Environmental Determinants of Diabetes in the Young), afin de caractériser l’histoire naturelle du microbiome intestinal précocement en connexion avec l’auto-immunité insulaire, le diabète de type 1 et les autres événements survenant tôt dans la vie comme la prise d’antibiotiques ou de probiotiques. Les microbiomes des enfants témoins contenaient plus de gènes en relation avec la fermentation et la biosynthèse d’acides gras à chaînes courtes mais ceci n’était pas associé de manière constante avec des espèces microbiennes particulières d’un centre clinique à l’autre, suggérant que les facteurs microbiens associés au diabète de type 1 étaient taxonomiquement diffus mais fonctionnellement plus cohérents. Lorsqu’ils ont analysé l’établissement plus large et le développement du microbiome des enfants, aussi bien les profils taxonomiques que les profils fonctionnels étaient dynamiques et très individualisés mais également dominés dans la première année de vie par l’une des trois espèces très exclusives de Bifidobacterium (B.bifidum, B.breve ou B.longum) ou par le phylum Proteobacteria. En particulier, le portage spécifique de gènes pour l’utilisation des oligosaccharides du lait humain dans un sous-groupe de B.longum était présent de manière spécifique chez les enfants nourris au sein. Ces analyses des métagénomes intestinaux de l’étude TEDDY apportent des données sur le profil fonctionnel longitudinal le plus détaillé du microbiome intestinal en voie de développement en relation avec l’auto-immunité insulaire, le diabète de type 1 ou d’autres événements de la vie chez les enfants. Ces données, avec les données provenant d’études de cohorte antérieures et d’un modèle de souris de diabète de type 1, suggèrent des effets protecteurs des acides gras à chaînes courtes dans le diabète de type 1 humain à début précoce.