Arrêts maladie, facturation électronique … Ce qui change au 1er septembre 2026

Ce mardi 1er septembre, c'est aussi la rentrée dans le domaine de la santé. Cette année encore, plusieurs nouvelles mesures entrent en vigueur.  

• La durée des arrêts maladie limitée : 

La durée de primo-prescription des arrêts maladie par les médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes est limitée à 31 jours à partir de ce mardi 1er septembre. Chaque prolongation de ces arrêts est, elle, limitée à 62 jours. Cette mesure, qui a été actée dans un décret du 12 juin dernier, découle de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026.  

Ces plafonds ne s'appliquent pas à Mayotte. De plus, par dérogation, le professionnel de santé peut prolonger l’arrêt maladie au-delà de la durée plafonnée s'il estime que l’état de santé du patient le nécessite. 

• Réforme de la facturation électronique : 

A compter du mardi 1er septembre, les médecins libéraux – comme toutes les entreprises – devront être en mesure de recevoir des factures électroniques. Tous les praticiens devront donc être enregistrés sur une plateforme agréée (PA), pour pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs (énergie, téléphonie, logiciels de prise de rendez-vous…). Cet enregistrement va permettre de référencer leur cabinet dans une base de données accessible aux professionnels avec qui ils interagissent, rappelait Egora dans un précédent article. 

En cas de non-enregistrement sur une PA à compter du 1er septembre, les médecins recevront une mise en demeure pour le faire dans un délai de 3 mois, sous peine de recevoir une première amende de 500 euros. 

• Evolution du tiers-payant en pharmacie : 

A partir de ce 1er septembre, un patient qui refuserait, sans justificatif médical, de prendre un médicament biosimilaire ou hybride proposé par le pharmacien à la place d'un médicament de référence ne pourra plus bénéficier du tiers-payant. Il devra alors régler la totalité du montant auprès du pharmacien, avant d'être remboursé par l'Assurance maladie au taux fixé.   

• Nouvelle règle de prescription des médicaments biologiques :  

A partir de ce 1er septembre, la prescription d’un médicament biologique devra être réalisée sous dénomination commune internationale (DCI) ou à défaut sous dénomination commune usuelle. Le nom de la marque du produit pourra toujours être mentionné sur l’ordonnance, mais il ne sera plus obligatoire.