Elle considère, en effet, que la stratégie actuelle, basée sur les prélèvements naso-pharyngés de cas suspects ou contact, et l’analyse RT-PCR, « décalée dans le temps par rapport à une recrudescence de la circulation du virus, est efficace tant que le nombre de nouveaux foyers reste limité ». Pour compléter cette stratégie, elle considère comme utile un dépistage généralisé de l’infection via des tests virologiques sur des échantillons représentatifs de la population de chaque département, de façon itérative. « Cela permettrait de connaître le niveau de circulation du virus au jour des prélèvements et donc de réagir plus vite ». Dans ce cadre, les prélèvements rhinopharyngés présentent des inconvénients : matériel dédié, personnel qualifié, aspect désagréable voire douloureux du prélèvement qui expose à un refus du sujet. D’où l’intérêt des tests salivaires, qui ne présentent pas ces inconvénients. Concernant la fiabilité des deux techniques de diagnostic, l’Académie réaffirme que le prélèvement rhinopharyngé reste la référence. Le virus serait présent dans la salive en quantité moindre que dans l’écouvillonnage rhinopharyngé. Cependant, « les deux modes de prélèvements donnent des résultats concordants pour la majorité des cas positifs et environ 20% de résultats discordants dans un sens ou dans l’autre » précise l’Institution. Les difficultés à réaliser le prélèvement rhinopharyngé pourrait participer à expliquer ces discordances.
L’Académie recommande donc de procéder à une étude comparative des deux modes de prélèvements dans des conditions rigoureuses (le même jour, protocole précis pour les prélèvements, extraction des ARN, RT-qPCR sur une seule plateforme, etc.). Elle préconise de « procéder dès à présent à une étude épidémiologique limitée à deux départements des deux régions les plus impactées par l’épidémie (Île-de-France et Grand- Est) » ; et modéliser ensuite, sur les résultats préliminaires obtenus dans ces deux départements, « une étude épidémiologique sur l’ensemble du territoire avec une courte périodicité pour être en mesure de répondre immédiatement à une éventuelle reprise épidémique ».
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