Indemnités journalières des libéraux : les cotisations des médecins vont augmenter dès fin 2026

Le couperet est tombé. En déficit depuis sa création en 2021, le régime d'indemnisation des arrêts maladie des professions libérales va devoir rentrer dans les clous. La Cour des comptes a en effet transmis, le 3 septembre 2026, un référé au Gouvernement dans lequel elle pointe la mauvaise gestion de ce dispositif, introduit par la loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS) pour 2021, et appelle à "des mesures de redressement". 

Avant 2021, aucun professionnel libéral ne bénéficiait d'indemnités journalières (IJ) au titre de la maladie avant le 91e jour d'arrêt, hors contrats d'assurance privée. Après la crise Covid, la loi a créé un dispositif commun et obligatoire pour l'ensemble des professionnels libéraux affiliés à la Caisse nationale d'assurance vieillesse des professions libérales (CNAVPL), pendant les 90 premiers jours d'arrêt.  

Très attendu par les professions libérales, et notamment les médecins libéraux, ce régime obligatoire d'IJ a vu le jour le 1er juillet 2021. Sa gestion opérationnelle a été confiée aux CPAM, et le recouvrement des cotisations à l'Urssaf. Le taux de cotisation a été fixé à 0,3 % du BNC, dans la limite de trois fois le plafond annuel de la Sécurité sociale (144 180 euros au 1er janvier 2026). 

Problème : le régime a, dès le départ, été déficitaire. Ce déficit, qui pouvait un temps s'expliquer par l'impact de l'épidémie de Covid, est devenu structurel. Résultat : "le montant cumulé du déficit au 31 décembre 2025 s'établit à 309 millions d'euros", chiffre la Cour des comptes. Ce qui correspond à "près d'une année et demie de prestations et plus de deux années de cotisations", souligne la présidente de la première chambre de la Cour des comptes, Carine Camby, dans son référé du 3 septembre. 

"La persistance d'un déficit aussi important depuis la création du dispositif ne correspond pas au cadre légal", ajoute la conseillère. En effet, la LFSS pour 2021 prévoit que "si l'équilibre financier entre la cotisation […] et les prestations […] vient à être rompu, le conseil d'administration de la Caisse nationale d'assurance vieillesse des professions libérales propose soit une augmentation de la cotisation, soit une diminution des prestations". 

"Force est de constater que, malgré la persistance d'un déficit annuel important au regard des cotisations comme des prestations, aucune mesure de redressement n'a été proposée", note la conseillère maître à la Cour des comptes. En outre, "les tutelles n'ont pas saisi la possibilité prévue par la loi que, en cas de carence (si la CNAVPL ne propose pas de mesures paramétriques), l'équilibre financier est rétabli dans des conditions fixées par décret". 

Pour "stopper cette dégradation qui pèse sur le déficit de l'assurance maladie du régime général", Carine Camby appelle le Gouvernement à "définir les modalités permettant de rétablir l'équilibre financier de ce dispositif et d’organiser l'apurement du déficit accumulé à la Cnam".  

Des mesures dès la fin de l'année 2026

Dans un courrier en réponse daté du 3 novembre, le Premier ministre, Sébastien Lecornu, indique que "le solde technique du dispositif et son déficit font l'objet d'échanges entre la direction de la Sécurité sociale et la CNAVPL depuis 2024". "Une analyse approfondie a été effectuée mi-2025 et plusieurs pistes explorées. Les travaux menés ont permis de proposer des mesures correctrices par des modifications réglementaires, applicables au premier trimestre 2027, et d'enclencher des concertations avec la CNAVPL afin de prévoir des adaptations supplémentaires début 2027", ajoute le chef du Gouvernement.  

Concrètement, l'exécutif vise la mise en place de premières mesures "dès la fin de l'année 2026". Cela se traduira par une "évolution du taux de [la] cotisation". "D'autres mesures concernant les prestations, dont la mise en œuvre doit intervenir début 2027, sont en cours d'instruction afin de permettre une résorption rapide du déficit du régime", poursuit Sébastien Lecornu. Et de préciser que "plusieurs paramètres peuvent être ajustés afin de mieux maîtriser les dépenses (délai de carence, plafond), dont les incidences sur les assurés doivent d'abord être évaluées". 

À noter qu'en juillet 2025, la CNAVPL "a voté des mesures pour tendre vers un rééquilibrage du régime, notamment une augmentation du taux de la cotisation de 0,3 % à 0,4 % […], permettant le réhaussement des recettes annuelles de 45 millions d'euros".