Sous lignage BA.2 de Omicron : que sait-on ?

  Actuellement le variant Omicron représenterait jusqu'à 97,6 % des cas positifs en France. Trois sous-variants ont été identifiés BA.1, BA.2 et BA.3. « Il est normal d’observer chez un variant qui circule une diversification génétique au cours du temps et l’apparition de nouveaux sous-lignages » précise Santé Publique France. Ils sont surveillés de façon à mettre en évidence ceux qui pourraient montrer des caractéristiques différentes en termes de transmissibilité, d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité. C’est dans ce contexte que le sous-lignage BA.2 a été défini le 1er décembre 2021 et décrit le 15 décembre ans les analyses de risque relatifs aux variants. Sur le plan virologique, la différence majeure est que BA.2 ne possède pas la délétion 69-70 présente sur BA.1. Or un certain nombre de pays dont l’Afrique du Sud et le Royaume-Uni utilisent cette délétion pour détecter Omicron. Cette méthode ne détecte donc pas le BA.2. En France, ce n’est pas le cas, la méthode de criblage utilisée comptabilise BA.1 et BA.2. Puis dans un second temps, un séquençage (réalisé par le consortium Emergen), permet de différencier les 2.   Une circulation faible Sur le plan épidémiologique, à ce jour, en France, le BA.2 semble circuler à des niveaux faibles. « Il y a des détections de BA.2 en France, mais à des niveaux très faibles. Des cas ponctuels répartis sur différentes régions ont été détectés par séquençage sur les deux dernières semaines de décembre 2021 et les deux premières semaines de cette année » détaille Santé Publique France. Il circule aussi en Europe et dans le monde (Afrique du Sud, Canada, Danemark, Australie) à des niveaux faibles. Un cas d’exception semble être le Danemark, où l’ « on observe un remplacement progressif de BA.1 par BA.2 », alors que le nombre quotidien de nouveaux cas d’infections est aussi à la hausse. Dans ce pays, des études sont en cours pour comparer les propriétés de BA.1 et BA.2 notamment en termes de transmissibilité, d’échappement à la réponse immunitaire et de sévérité. Pour le moment, les analyses préliminaires réalisées par l’agence de santé publique danoise (Statens Serum Institut, SSI) n’ont montré aucune différence entre BA.1 et BA.2 en termes d’impact sur les hospitalisations, assure l’agence sanitaire française.